อาหารที่อุดมด้วยอาหารหมักดองช่วยเพิ่มความหลากหลายของจุลินทรีย์ในลำไส้และลดอาการอักเสบในระดับโมเลกุล ผู้ใหญ่ที่มีสุขภาพดี 36 คนได้รับการสุ่มเลือกให้รับประทานอาหาร 10 สัปดาห์ ซึ่งรวมถึงอาหารหมักดองหรืออาหารที่มีเส้นใยสูง อาหารทั้งสองชนิดนี้ส่งผลที่แตกต่างกันต่อไมโครไบโอมในลำไส้และระบบภูมิคุ้มกันทำให้ความหลากหลายของจุลินทรีย์โดยรวมเพิ่มขึ้น

การรับประทานอาหาร เช่น โยเกิร์ต คีเฟอร์ คอทเทจชีสหมัก กิมจิและผักหมักอื่นๆ น้ำเกลือจากผัก และชาคอมบูชาทำให้ความหลากหลายของจุลินทรีย์โดยรวมเพิ่มขึ้น โดยมีผลรุนแรงกว่าจากการรับประทานในปริมาณมาก นี่เป็นตัวอย่างแรก ๆ ของการเปลี่ยนแปลงอย่างง่าย ๆ ในอาหารที่สามารถทำซ้ำ microbiota ในกลุ่มผู้ใหญ่ที่มีสุขภาพดีได้ นอกจากนี้ เซลล์ภูมิคุ้มกัน 4 ชนิดยังมีการกระตุ้นน้อยลงในกลุ่มอาหารหมักดอง ระดับของโปรตีนอักเสบ 19 ตัวที่วัดในตัวอย่างเลือดก็ลดลงเช่นกัน หนึ่งในโปรตีนเหล่านี้คือ interleukin 6 เชื่อมโยงกับสภาวะต่างๆ เช่น โรคข้ออักเสบรูมาตอยด์ เบาหวานชนิดที่ 2 และความเครียดเรื้อรัง